Depois da polémica com a extinção da FCT, já foi publicado o diploma que concretiza a criação da  AI², a Agência para a Investigação e Inovação que tem como missão promover o investimento em investigação fundamental e garantir "uma ligação mais eficaz entre a investigação e a inovação, com mais impacto social, cultural, ambiental e económico".

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O decreto-lei foi publicado no dia antes do Natal, a 24 de dezembro, depois de ter sido aprovado em Conselho de Ministros ainda a 4 de setembro. Após ter sido enviado ao Presidente da República ainda voltou para as mãos do Governo, que introduziu alterações ao diploma.

A criação da AI2 tem sido particularmente controversa devido à extinção da FCT, com os reitores das universidades e investigadores a manifestarem-se preocupados com as consequências para a produção científica e o futuro da ciência fundamental. Uma das principais críticas ao processo foi o facto de não terem sido ouvidos os representantes das comunidades científica e de inovação e por isso em novembro o Governo decidiu recolher pareceres de várias entidades sobre a AI².

A AI² será uma Entidade Pública Empresarial (E.P.E.) e não uma Sociedade Anónima (S.A.) e o Governo terá optado por rever a personalidade jurídica da Agência para dar mais flexibilidade à entidade, permitindo, por exemplo, a celebração de acordos e contratos com entidades públicas de outras áreas governativas. Aqui incluem-se ainda acordo e contratos com entidades privadas.

No preambulo do diploma o Governo refere que é “urgente superar o desfasamento existente nos níveis de inovação em relação às economias mais avançadas”, para “acelerar a transição da economia portuguesa para modelos produtivos mais competitivos”, focando a sua importância para retenção de trabalhadores qualificados e salários mais elevados.

Para o executivo, “com um orçamento plurianual, no âmbito do plano estratégico que dá suporte à carta de missão e ao contrato-programa a celebrar com o Estado, a AI², E. P. E., garante a estabilidade institucional e a continuidade dos programas já estabelecidos e dos novos a criar, promovendo a confiança dos agentes do sistema”, lê-se no diploma.

A criação da nova Agência tem efeito a partir de 1 de janeiro de 2026 e a reafetação dos funcionários ligados à FCT e ANI é uma das preocupações, estimando-se o número em mais de 400 pessoas.  Segundo a informação do diploma, a nova agência “dispõe, excecionalmente, de um mapa de pessoal transitório com postos de trabalho, a extinguir quando vagar, destinados aos trabalhadores da FCT, com contrato de trabalho em funções públicas, que lhe venham a ser reafetos”.

Já para os dirigentes em comissões de serviços na FCT, incluindo os que estejam a exercer funções em regime de substituição, o diploma prevê que “cessam automaticamente na data de produção de efeitos do presente decreto-lei”, mas os seus titulares “mantêm-se em funções até à data determinada por despacho dos responsáveis pela condução do processo de fusão da FCT”.

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